La Vicerrectoría se organiza a través de dos direcciones: la Dirección General de Investigación y Doctorados y la Dirección de Innovación.

Además, cuenta con dos unidades transversales que apoyan la gestión y brindan soporte integral al resto de las unidades y proyectos que la conforman, estas son:

La Unidad de Propiedad Intelectual y Convenios, la cual se encarga, por un lado, de salvaguardar el conocimiento generado en la institución y, por otro, de establecer los marcos para las relaciones que la VRII construye con otras instituciones.

La Unidad de Divulgación Científica, encargada de coordinar las acciones comunicacionales, tanto internas como externas, que permiten dar visibilidad a los proyectos e iniciativas de investigación llevados a cabo por esta área.